Hoàn Huyền dưới sự hướng dẫn của chú mình, xứng đáng là kế thừa được sự nghiệp của cha. Năm 384, Hoàn Xung chết, Tể tướng Tạ An phân binh quyền do Hoàn Xung cai quản cho 3 người cháu Hoàn Xung. Không lâu sau, Tạ An cũng bị thất thế và chết ngay năm sau đó (385). Cuộc tranh trành quyền lực triều đình nổ ra giữa các gia tộc lớn gồm họ Tạ, họ Vương, và cả hoàng gia Tư Mã. Trong những điều kiện đó, gia tộc họ Hoàn, mà đại diện là Hoàn Huyền, trở thành một đối tượng lôi kéo để các bên chiếm được ưu thế.

Năm 391, Hoàn Huyền được phong làm Thái tử Tẩy mã[1] khi mới 23 tuổi. Chỉ một năm sau, được bổ làm Thái thú Nghĩa Hưng (nay thuộc Nghi Hưng, Giang Tô). Tuy nhiên, Hoàn Huyền không thỏa mãn, từ quan trở về lãnh địa Nam Quận (nay thuộc Giang Lăng, Hồ Bắc) củng cố thế lực.

Năm 397, Thượng thư Bộc xạ Vương Quốc Bảo, Kiến Oai Tướng quân Vương Tự mưu với Nhiếp chính là Cối Kê vương Tư Mã Đạo Tử tước bớt binh quyền các phương trấn. Thứ sử 2 châu Thanh Duyện là Vương Cung bất mãn khởi binh, Hoàn Huyền cùng Thứ sử Kinh Châu Ân Trọng Kham hưởng ứng. Thế lực quân phiệt hùng mạnh, cuối buộc triều đình phải giết Vương Quốc Bảo và Vương Tự để xoa dịu thế lực quân phiệt.